A história se passa 100 anos após os eventos de Mega Man, e conta a história de X, um Reploid inacabado, criado e selado pelo Dr. Light. Embora essa série spin-off tenha mantido aspectos da série pelos quais ficou conhecida, como a seleção de fases e o uso de armas do chefe, ela introduziu uma história e um mundo mais maduros, além de combates de ação mais rápidos.

Observação: os detalhes do jogo são baseados na versão em inglês.